Interseks anomalileri çok yaygın değildir. Ancak görüldüğünde, kuşkuluambigus genitalialı yenidoğana sosyal aciliyet gözü ile bakılmalıdır. Seks ayırımı sonrası eğer gerekiyorsa rekonstrüktif girişim zamanında uygulanmalıdır. Yaklaşımdaki gecikmelerin, daha sonra aile ve çocuk için şiddetli emosyonel bozukluklara neden olacağı bilinmelidir. Ambigius genitalyalı olguların tümünde multidisipliner yaklaşım uygulanmalıdır. 
Gestasyon süresince normal seksüel gelişim için, uygun kromozom komplementi ve bileşimi gereklidir. Gonadların indüksiyonu için, başlangıçta yolk kesesinden, ürogenital kabartıya germ hücrelerinin migrasyonu olur. Gonadlardan hormon üretimi ve daha sonra da hedef organlardan hormon sekresyonu bu süreci izler. Bu aşamalardaki herhangi bir defekt ambigus genitalialı bir çocuğun gelişimi ile sonuçlanır.
Erkeklerde Y kromozomu testisin oluşumunu sağlar. Bir teoriye göre primitif gonadın H-Y antigeni testisin farklılaşmasını başlatır. H-Y antigeni, tüm erkek hücrelerde bulunabilir ve yalnızca erkek hücrelerde H-Y antijeni için reseptör vardır. Genital kıvrım dokularının bu reseptörlerine bağlanan H-Y antijeni testisin farklılaşmasını sağlar. Testislerin ürettiği faktör, primitif gonadın medüller kordlarının seminifer tubuluslar içerisine farklılaşmasına neden olur. Daha sonra seminifer tubulusların Sertoli hücreleri gelişir ve Müllerian Inhibiting Factor (MIF), üretirler. MIF, Müller kanallarının regresyonuna neden olur. Daha sonraki aşama, testisteki interstisyel hücrelerin, Leydig hücrelerine farklılaşmasıdır. Bu hücreler testosteron üretirler. Testosteron, Wolf kanal sisteminin, vas deferens, seminifer tubulus ve epididim formuna, dihidrotestosteron ise dış genital yapının penis ve skrotuma gelişimini sağlar.
Y kromozomunun yokluğunda H-Y antijeni, primitif gonadın overe farklılaşmasını sağlar. Müller kanal sistemi ve dış genital sistemin dişi yönünde gelişimi otonom bir olaydır. Normalde dişi MIF e maruz kalmaz. Bu nedenle Müller kanallarından, uterus, serviks ve vajinanın 1/3 üst bölümü gelişir. Testosteron yokluğunda,Wolf kanalları spontan regrese olur. 5(-dihidrotestosteron olmadığından, genital tüberkül, genital kabartı, ürogenital sinus ve genital kıvrım klitoris, labium majus, labium minus ve vajinanın 2/3 alt kısmına gelişir. İnterseks anomalileri dört grupta incelenir.
İnterseksli yenidoğanların tam olarak değerlendirilmesi sırasında, fizik muayeneye ek olarak ailede benzer problemin sorgulanması da önemlidir. Hamilelik esnasında ilaç kullanımı önemli bir etkendir. Özellikle progesteron gibi steroid maddeler bu tür anomalilere neden olabilir. Karyotip, idrarda steroid ölçümleri, serum elektrolit düzeyleri önemlidir. Retrograd genitogram, vajinanın ürogenital sinus içerisine giriş yerini belirlemede oldukça etkili bir yöntemdir. Yakın zamanda, laparoskopi de seks ayırımı amacıyla kullanılan yöntemlerden biri olmuştur. Çeşitli tipleri vardır:

Dişi psödohermafroditizm:
Adrenogenital sendrom
Konjenital adrenal hiperplazili yenidoğanlar 46 XX kromozomuna sahiptirler. İnutero dönemde artmış androjene maruz kalmışlardır. Bu sendrom 21-hidroksilaz, 11-hidroksilaz veya 3- betahidroksi-steroiddehidrojenaz enzimlerinden birinin eksikliği ile karakterizedir. Bu enzimlerden herhangi birinin eksikliği, XX fetusun maskulinizan yönünde gelişimine yol açan, androjenik ara ürünlerin aşırı oluşumu ile sonuçlanır. Fenotipik görünüm, orta derecede klitoral büyümeden, normal görünümde erkek fallusu ile uretranın komplet maskulinizasyonuna kadar değişen evrelerde olabilir. Glukokortikoid sentezindeki defekte bağlı olarak bu hastalara kortizol replasmanı yapılması gereklidir. Ayrıca konjenital adrenal hiperplazinin tuz kaybettirici formu olan mineralokortikoid eksikliğinde, fluorokortizon replasmanı da gerekir. Bu çocukların tamamı bir kız gibi yetiştirilmelidirler. İç genital yapıları normaldir ve normal fertiliteye sahiptirler. 
Cerrahi tedavi, özellikle vajinal introitus malformasyonu ve klitorisin hipertrofisi gibi fonksiyonel ve kozmetik sorunlara yol açabilecek durumlarda, mutlaka uygulanmalıdır. İdeal cerrahi yaklaşım, cut-back veya flep vajinoplasti ile birlikte kliteroplastidir. Tedavi için 1 yaş en uygun zaman olmakla beraber, vajinanın uretra ile daha proksimalden ilişkili olduğu nadir durumlarda, vajinoplasti 2 yaşına kadar ertelenmelidir.

Mikst gonadal disgenezi
Mikst gonadal disgenezi, Müller kanal artıkları ve disgenetik gonadlarla birlikte olan bir sendromdur. Hastalar genellikle 46XO, 46XY dir. Disgenetik gonadlarda, yüksek malignite riski vardır (%50). Gonadoblastoma en sık görülen tümördür. Artık gonadlarda ise sıklıkla seminom ve disgerminom gelişir. Yüksek malignite riskine bağlı olarak hayatın ilk dekadında, tüm hastalara bilateral gonadektomi yapılmalıdır. Konjenital adrenal hiperplazide olduğu gibi, bu hastalara da dış genital yapının düzeltilmesi yönünde rekonstrüktif cerrahi uygulanabilir.

Erkek psödohermafroditizm:
Testiküler Feminizasyon Sendromu
Erkek psödohermafroditizmli yenidoğanlar XY karyotipine sahiptirler. Erkek psödohermafroditizm sıklıkla aşağıdaki nedenlere bağlı olarak oluşur:
1. Biosentezde gerekli enzimlerin eksikliğine bağlı olarak uygunsuz testosteron üretimi
2. 5alfa-redüktaz eksikliği sonucu testosteronun dihidrotestosterona dönüşememesi
3. Androjen reseptörlerindeki eksiklik.

Testiküler feminizasyon sendromunun en sık görülen ve bilinen nedenini androjen reseptör kusuru oluşturur. X’e bağlı resesif geçişlidir. Bu hastalar sıklıkla kız olarak yetiştirilirler. Dişi fenotipli çocukların bir kısmında, rutin inguinal herniorafi sırasında rastlantı sonucu testislerin bulunması ile tanı konulur. İntraabdominal gonadlarda yüksek malignite riski vardır. Genel olarak hastalar, puberte sonrası amenore ile başvururlar. Teşhis doğrulandığında bu hastalara bilateral gonadektomi ve vajinal rekonstruksiyon yapılmalıdır. Testisler puberte sırasında maskülinizasyona da neden olabilirler. Ayrıca bu hastaların kısa vajenleri olduğundan vajinal dilatasyon ile tedavi edilmelidirler. Vajinal replasmanın gerekli olduğu durumlarda bu amaçla kolon kullanılır. Erkek yönünde düzeltici girişim planlanan olgularda orşiopeksi ve hipospadias onarımı yapılır.

Gerçek hermafroditizm
Gerçek hermafroditizm ambigus genitalianın nadir bir formudur. Bu hastalar hem dişi, hem de erkek gonad dokularına sahiptirler (over, testis, ovotestis). Hastaların %80 i 46XY karyotipine sahiptir. Hastaların büyük bir kısmında uygunsuz bir fallus vardır ve bir kız gibi yetiştirilirler. Bu hastalarda bulunan testisler ve ovotestisin testiküler bölümü çıkarılmalıdır. Konjenital adrenal hiperplazi ve mikst gonadal disgenezideki gibi rekonstrüktif cerrahi uygulanabilir. Nadiren fallus, erkek rolü için uygundur. Bu durumda tüm over ve Müller kanal artığı çıkarılmalı, hipospadias onarımı yapılmalıdır. Puberte sonrası ise testiküler protez uygulanmalıdır.